Bogomila se nalazi u dolinskom proširenju uz reku Babuna, između planinskih masiva Jakupica i Dautica. Nadmorska visina iznosi približno 250 m. Reljef karakterišu aluvijalne ravni, rečni tok i strme padine u neposrednom okruženju, što je jasno izraženo na topografskim kartama razmere 1:25.000 Jugoslovenska narodna armija. Naselje ima linearnu strukturu duž doline i predstavlja tipičan primer dolinskog sela u ovom delu regiona.